C’est vers le 9ème siècle que les navigateurs arabes qui visitent épisodiquement l’île nommèrent Nosy be « Assada » ou « Sada », les Malgaches la nommait alors « Vario Be ».Il fut interdit « fady » à la mort de la Reine Ambary 2 et devint « Nosse-Be » ou « Nos-Be ». Divers souverains vont se succèder sur l’île.Vers 900 les arabes qui abordent les côtes nord-ouest de Madagascar se ravitaillent à Nosy Be et y créent un comptoir à Mahilaka. Ils fortifient alors la ville avec un mur d’enceinte de 4 mètres de haut et 2 km sur 1 km de coté. En 1100 les arabes créent un comptoir à Ambanaro.En 1200 Mahilaka devient la plus grande ville de Madagascar.En 1400 les indiens viennent se fixer à Ambanoro suite au déclin de Mahilaka.Occupée par les Français dès 1841 intéressés par sa belle rade – soit 55 ans avant le reste de Madagascar -, puis rapidement colonisée, Nosy Be est devenue, au xixe siècle, un comptoir commercial important de la côte ouest de Madagascar.C’est en 1842 que les Français la baptisèrent par décret « Nossi-Bé » la grande île ou « la perle de l’océan indien ».À partir des années 1850, les cultures vivrières et les plantations de rente s’y développent, entreprises de colons réunionnais, mauriciens et français. L’île fait partie avec l’Île Sainte-Marie de Madagascar du gouvernement de Mayotte et compte 15 000 habitants vers 1865.Elle est rattachée à Madagascar à la fin du siècle. Ainsi, la petite île devient une colonie agricole, recouverte de champs de cannes, d’indigo, de café, mais aussi de sésame, de riz, de maïs, de patates et de manioc.Elle récolte les fleurs d’ylang-ylang à partir des années 1920. C’est de cette activité que lui vient le surnom d’île aux parfums.